第一条为了进一步加强增值税有关运输发票抵扣凭证的管理，堵塞税收漏洞，特制定本办法。
第二条凡增值税一般纳税人（以下简称“纳税人”）取得运输发票并应计算抵扣进项税额的，均适用本办法。
本条所称取得运输发票是指：（一）纳税人外购货物（固定资产除外）支付运输费用而取得的运费结算单据；（二）纳税人销售应税货物而支付运输费用所取得的运费结算单据（《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十二条所规定的不并入销售额的代垫运费除外）。
第三条运输单位提供运输劳务自行开具的运输发票，运输单位主管地方税务局及省级地方税务局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票准予抵扣。其他单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。
第四条纳税人取得所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，应根据相关运输发票逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》（见本办法附件），在进行增值税纳税申报时，除按现行规定申报报表资料外，增加报送《增值税运输发票抵扣清单》。纳税人除报送清单纸质资料外，还需同时报送《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息。未单独报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质资料及电子信息的，其运输发票进项税额不得抵扣。如果纳税人未按规定要求填写《增值税运输发票抵扣清单》或者填写内容不全的，该张运输发票不得计算抵扣进项税额。
增值税运输发票抵扣清单信息采集软件由国家税务总局统一开发，主管国税局免费提供给纳税人。如果纳税人无使用信息采集软件的条件，可委托中介机构代为采集。
第五条纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国税局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。纳税人取得的2003年10月31日以前开具的运输发票，必须在2004年1月31日前抵扣完毕，逾期不再准予抵扣。
第六条主管国税局在纳税申报期内受理申报时，应对《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第8栏“7％扣除率”的“金额、税额”项数据与《增值税运输发票抵扣清单》中“合计”栏“允许计算抵扣的运费金额、计算抵扣的进项税额”项数据进行核对，如不一致，退纳税人重新申报。
第七条纳税申报期结束后，各地县（市）级国税局应将当期《增值税运输发票抵扣清单》汇总电子信息通过网络传递给上级税务机关。
运输发票信息的采集、传递、清分与比对等具体要求详见《货物运输发票管理流程实施方案》。
第八条对比对不符的先由稽查部门进行稽查，经查实后确有问题的按有关规定进行处理。稽查部门应将稽查、处理结果及时反馈管理部门。
第九条本办法自2003年11月1日起执行。
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