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1、铁路运输业。目前交通运输业“营改增”的范围包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务，缺少铁路运输服务。铁路运输服务之所以没有被纳入试点，主要有两个原因。第一，铁路运输业的一个特点是分支机构较多，经营范围覆盖全国，运营系统和财务核算比较复杂，因此难以在某个或某几个地区单独试点。随着“营改增”试点在全国范围内推开，这一问题将不成障碍。第二，按照现行的分税制规定，铁路运输营业税由铁道部集中缴纳，属于中央收入，因此难以在某一地区单独试点。2012年9月，财政部、国家税务总局和中国人民银行下发了《关于调整铁路运输企业税收收入划分办法的通知》（财预〔2012〕383号），将铁道部集中缴纳的铁路运输营业税由中央收入调整为地方收入，并制定了详细的地区间税收分配方案。这就消除了铁路运输实行“营改增”的关键障碍。可以预计，下一步铁路运输完全可以纳入交通运输业整体中开展全国性的改革，从而实现交通运输业全行业的“营改增”。
2、邮电通信业。邮电通信业“营改增”改革的难点主要在于电信业。电信业以信息产品为对象，其纵向技术关联程度强于其他网络型产业。由于电信业已经成长为带动国民经济发展的基础性、先导性和战略性产业，其实行“营改增”，对于促进本产业以及相关产业发展、实现产业结构升级具有重要意义。
电信业实行“营改增”面临什么困难与挑战？例如，在电信产业链上主体日益增多、利润分配日益复杂和市场竞争日趋激烈的情况下，服务内容创新和营销模式创新，给电信业增值税制度设计带来了挑战，尤其对于既包含服务内容又包含货物的营销模式，如何做好业务划分和增值额的确定，并以此设计合理的增值税制度是一个难题。此外的难题还有：如何做好新老税制衔接以及税负平衡问题，防止对电信业形成较大冲击？受生产和消费时空分离等影响，对于以信息技术手段为支撑的电信业务，如何解决增值税纳税地点的确定这一复杂难题？为应对这些困难与挑战，电信业实行“营改增”首先应清晰界定电信业务的具体内容，可针对电信基础业务设计单独的增值税制度，而将在此基础上衍生的增值服务归至相关行业，适用相关行业的增值税制度。其次，为保证国内电信运营商之间以及国内与国际电信运营商之间的公平竞争，对于国内业务，应按照生产地原则征税，即电信服务提供商和用户均在境内，则在服务提供地纳税，而对于跨境业务，应实施消费地原则，即在用户所在地纳税。此外，应按照“税负持平或略有下降”的原则，设计好电信业增值税税率。
中国财税浪子（公共微信taxlangzi）上述材料系来自财政部科学研究所税收教研室。对于电信企业，庞大而且复杂的营销业务无疑是改革的难点之一。以最典型的充话费送手机为例，假设消费者购买5000元话费即可赠送价值4000元的手机。假设手机的成本价是3000。采用目前媒体给电信行业安排的11%的税率来计算，不考虑其他税款因素，价格按照增值税不含税价格处理。
1、      目前的营业税处理是对于手机的赠送属于混合销售基础上的赠送，并不额外为其计算营业税。应交营业税=5000*5%=250元。同时外购手机支付的510元进项税不得抵扣。
2、      假设营改增以后继续对手机不征收增值税，同时不允许抵扣手机取得环节进项税。应交增值税=5000*11%=550元。
3、      假设营改增以后视为手机的销售价值已经在5000元的话费中得以实现。应交增值税=5000*11%-3000*17%=550-510=40元
4、      假设营改增以后，对手机按照视同销售处理，额外计算其负担的增值税。应交增值税=5000*11%+4000*17%-3000*17%=550+170=720元。
5、      假设营改增以后，将话费价值5000元在手机和话费之间依照公允价值（5000+4000）分摊，话费部分销售额为5000*5/9，手机部分销售额为5000*4/9，手机部分的进项税510也只允许抵扣4/9，其余做转出处理。应交增值税=5000*5/9*11%+5000*4/9*17%-3000*17%*4/9=306-151=155元
中国财税浪子（公共微信taxlangzi）很显然，如果邮电通信行业纳入营改增要切忌直接将其适用现行营改增文件。应该单独制定邮电行业营改增实施办法，对诸多具体业务问题予以明确，否则会引发过多的争议。如果官方有意在2014年元旦对其实行营改增，目前也就只剩下4个多月的时间，甚为紧张。